| X连锁鱼鳞病（X-linked ichthyosis，XLI）是由类固醇硫酸酯酶基因（STS）缺失或突变引起的皮肤角化障碍性疾病， 85% ~ 90%的 XLI病例为包括STS基因在内的Xp22.31片段缺失型，其余为STS单基因突变型。低深度全基因组测序拷贝数变异（CNV）检测技术（CNV-Seq）是近年来发展起来的快速、高效、准确的DNA片段缺失重复的新手段。本文探讨CNV-Seq在缺失型XLI基因诊断及产前诊断中的应用价值和意义。
低深度全基因组测序拷贝数变异检测技术对缺失型X连锁鱼鳞病的检测效力及意义的分析研究
白周现 陈晨 苏利沙 徐慧 王聪慧 时盼来 孔祥东
作者单位：郑州大学第一附属医院遗传与产前诊断中心 450000
【引用本文】白周现，陈晨，苏利沙，等. 低深度全基因组测序拷贝数变异检测技术对缺失型X连锁鱼鳞病的检测效力及意义的分析研究[J]．中华皮肤科杂志，2019, 52（10）: 736-742. doi：10.35541/cjd.20190197
本文第一作者：
白周现
【关键词】 鳞癣，X染色体连锁；DNA拷贝数变异；基因缺失；序列分析，DNA；产前诊断；Xp22.31缺失
收集2018年在郑州大学第一附属医院行CNV检测的3 616例案例资料及7例鱼鳞病患者或家系单基因检测资料。3 616例样本包括2 891例孕妇产前检测样本（主要为羊水，部分为胎儿绒毛，极少数为脐血样本）和725例其他受试者的外周血检测样本。分别提取羊水细胞和外周血等基因组DNA，应用CNV-Seq检测受试者DNA。定量PCR（qPCR）及单核苷酸多态性（SNP）-比较基因组杂交（CGH）微阵列法验证CNV-Seq检出的CNV。参考人群多态性数据库DGV、病例数据库DECIPHER、基因剂量效应数据库ClinGen、人类孟德尔遗传在线数据库OMIM等分析检出的CNV致病性。
图1 6个X连锁鱼鳞病（XLI）家系谱图家系5中Ⅲ3为猫叫综合征患儿；家系1、2只追踪到2代人，受试者经随访否定鱼鳞病家族史
3 616例CNV检测案例中，6例孕妇产前检测样本存在Xp22.31缺失，包括5例男性胎儿和1例女性胎儿。检出的Xp22.31缺失片段覆盖XLI（主效基因STS）区域。经胎儿父母CNV验证，其中2例为自发突变，4例为父源或母源遗传。qPCR验证此6例胎儿，其中1例女性胎儿为STS基因完全杂合缺失携带者，5例男性胎儿STS基因完全缺失。SNP-CGH微阵列法验证1例女性胎儿杂合Xp22.31缺失携带者，结果与CNV检测结果一致。7例鱼鳞病患者进行鱼鳞病基因panel检测显示，丑角样鱼鳞病1例，寻常型鱼鳞病2例，XLI 3例，未找到致病基因突变1例。对其中2例缺失型XLI患者进行CNV检测显示存在Xp22.31缺失。此外，3 616例CNV测序案例中发现16例存在Xp22.31重复，但均为正常表型个体或胎儿。
图3 拷贝数变异（CNV）检测显示部分受试者存在包含类固醇硫酸酯酶（STS）基因的Xp22.31片段重复 3A：女性受试者； 3B：男性受试者，红色方框内为拷贝数异常区域，其他区域拷贝数正常，显示Xp22.31片段重复
CNV-Seq检测技术稳定可靠，能够筛查全基因组范围内的CNVs，可用于缺失型XLI的基因诊断及产前诊断。包含STS基因的Xp22.31片段缺失可导致XLI，而含STS基因的Xp22.31片段重复为多态性变异可能性大。
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