怀孕期间是可以对胎儿进行亲子鉴定的，目前最常用的方法是抽取羊水或者绒毛检测，孕期最早做亲子鉴定的时间也要等到8周以后取绒毛进行，但是为了确保胎儿的存活，我们建议在怀孕16周以后抽取羊水进行鉴定。亲子鉴定所需要的羊水很少，只需2-4ml。做胎儿亲子鉴定，一般的鉴定中心都建议提供母亲的DNA样本，因为胎儿的羊水或者绒毛样本是从母亲的体内提取的，如果操作不慎，就会有可能混有母亲的DNA成分，通过羊水检测出来的就有可能是母亲河孩子的混合结果或者仅仅是母亲的分型结果。因此，必须提供母亲的样本进行比对，以确保结果不是母亲的检测结果。
做胎儿鉴定最大的难度就是取样,因为取样(胎儿绒毛或者羊水)要确保不能伤害胎儿。其实对于抽取胎儿绒毛或者羊水是否会造成伤害，这个完全不用担心，因为这项技术现在已经非常成熟，“不管是抽取绒毛还是羊水样本，都和胎儿产前的诊断一样，不会造成任何的伤害。
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