最近遗传检测领域最引人瞩目的大事，应当就是CNV检测技术的争议了吧？临床口，技术流各路大神纷纷发言，大家一起探讨，互通有无，让我等普通人实实在在经历了一番知识的洗礼，获益良多。乍看上去有点眼熟，和10几年前CMA刚出来的时候很有几分神似。
CMA刚出来的时候，因为比核型精确，比FISH全面，自然也是蛮拉风的。而且aCGH的生产平台也简单，很多厂商都有产品出售，宣传推广的力度自然也是不差，我也被邀请去讲了一些经验，和业内同行们混了个脸熟。不过呢，落到临床上一直不温不火。很多单位都是买了以后做不了几次就放一边了。像我们单位就我所知就有三套，无一例外地都是风光无限地引进，然后静悄悄躺在角落里积灰。
要说原因，aCGH的实验，分析和解释上都有点问题。
芯片刚出来的时候，实验还比较复杂，也没有全自动的设备，试剂稳定性也不算太好。实验做得不好，相应结果的可靠性自然也就欠佳，往往还会有很多模棱两可的结果出来，让人总是不敢放心。所以那时候芯片查到结果后，都会有一个标配的验证过程。有用fish，mlpa，甚至还有用另一款芯片来验证的。
因为结果不稳定，所以分析中要考虑的因素也就更多，再加上数据库和分析流程也没有现在那么完善，分析过程就成了非常头疼的事，一个结果分析一整天还出不来也是常有的事，让人厌烦。
就算好不容易分析完了，出了报告，临床上也很难使用。当年遗传学专业人才比现在匮乏得多。记得在我毕业那年，整个广州诸多高校中，正经拿遗传学博士学位出来的好像就只有一俩个。瞅着报告上一大堆听都没听说过的疾病名称，临床医生显然是抓狂的。
这样的情况下，芯片平台的没落几乎就是必然的了，CGH、MFISH、SKY等等好技术的消失也都是殷鉴不远。如果没有后面发生的几次改良，也许基因芯片就会和历史上无数的不出名但非常牛x的技术一样，很快就会被扫到历史的故纸堆中去了。
说到改良，首先要提到的是遗传检测与一般检查的不同。像血常规、生化之类的检测，因为每个人的状态总在变化，所以只需要对本次样本负责就好，检测可靠性的要求实际上并没有这么高，波动了也不打紧，过阵子再复查一下就好，相信做过体检的都有这样的经验。而遗传检测则是跟着受检者一辈子的，一旦出错那就是错了，不被人告死、赔死、也会被人怼死。所以搞常规临检的转遗传检测总会有那么一阵不适应，转头跑回去的也不少。做遗传的人个个都像处女座，总是小心小心再小心，一个结果如果不能得到双线验证，那是绝对不敢发的。因此早期的芯片那真是既麻烦又增加工作负担，不受人待见是再正常不过了。
最重要的改良，就是增加了SNP信息。SNP信息本身就可以通过基因型来推测重复、缺失、或者AOH；再加上测量出来的拷贝数信息，一次检查就有了两个结果。这两个结果就相当于做了两次，能够互相印证，于是大部分的CNV结果终于可以不用再验证了。基因芯片也终于第一次具备了临床一线检测技术的基础。
再有就是增加技术的冗余度。我特别喜欢冗余度这个概念。比如PCR试剂吧，设计规定退火温度是55℃；可是架不住设备不稳定啊，如果你这个实验只能在55℃才能做得出来，多一度少一度都不行，那肯定卖不好。哪个用户拿回去做得不准，一定不会说自己设备不行，肯定说你的试剂不靠谱，一传十、十传百，口碑就烂大街了。所以当年做试剂研发的时候，没日没夜地就是调整试剂成分，务必让退火温度在50℃~60℃都能做得出来。我们那时候搞的FISH试剂，规定37℃杂交过夜，但是室温过夜或者50℃过夜也能行，就是因为经常有好心的实验室管理员一下班就关电源的，当然还有水浴箱多年没校准温度不准的。无缘无故被客户骂过几次之后，索性改了体系，随你怎么折腾，你只要别搬到冰箱里去，都能做得出来。你安心、我也省心。这些就是冗余度、或者宽容度的概念。好的检测试剂要考虑到各种不着调的用法，冗余度必然得是高的。
说回CMA吧，厂家做的另一个改良就是增加探针数目，最早是40k的探针数目，然后是60k、180k、750k、900k、1.5m、还有更高的。实际上1.5m比40k在cnv检测能力上高多少呢？其实没多大区别，反正致病性的cnv公认的也就那么不到100种，做40k都已经多了，往根子上说其实一样。增加的探针主要还是体现在冗余度的扩展上。原本3个探针检测一个位置，万一有一根探针杂交效果不好，结果可能就不准了；现在我增加到30个探针，就算有10个探针歇菜，剩下20根探针足够解决问题了。所以检测的稳定性、可靠性都增加了。起码看上去更靠谱了，实际上也就只是看上去更靠谱而已，因为原本3根探针的年代，借助强大的算法，结果也是很靠谱的，只不过普通人看上去不放心罢了，不过很可惜实验室里面的主要是普通人。
以上两个改良对CMA技术本身其实帮助不大，检测的还是那些东西，没有这些，老老实实照着说明书细心操作，凭着厂家的高大上算法，照样能出来一样的结果。照我看，完全就是因为市场的需求，操作容易了，结果直观了，客户就欢迎了。所以好的东西不但技术要好，贴合市场需求也是必须的。自己算法超强，成本下限不断刷新，用低价来提升需求对于遗传领域其实帮助不大，多数医院还是事业单位，安全第一、利润第n。客户搞不明白、做不好、不信任你，最后就不敢要，谁都落不着好。等到市场成熟了，大家认可了这个技术以后，再来简化设计也不迟。就像现在的芯片，又走回低密度了，asa好像只有300k吧，一次能做96个样本，据说蛮受欢迎的，因为大家经过高密度的洗礼，已经明白，多了这么多探针也没啥帮助，还不如省钱；况且实验也稳定了，有些还有了全自动设备，便宜、做得好、又有了基础看得懂、能理解这么做的意义，自然市场就跟着你来了。
NGS我只是入门，就不往下班门弄斧了。以上只是我根据这些年来使用CMA的感受想到的一点浅见，希望对NGS检测技术的开发者能有一点帮助。
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